Thắng cố được chế biến rất đơn giản nhưng để nấu ngon miệng thì vẫn cần bí quyết riêng cũng như kinh nghiệm. Người ta mổ ngựa (hoặc bò, dê, heo), làm thịt sạch sẽ,lấy tất cả nội tạng ăn được của con vật chặt ra từng miếng.

Sử dụng bếp lửa than, than phải "rực hồng", dùng một cái chảo lớn (chảo phải cũ không được dùng chảo mới), cho tất cả các thứ như thịt thủ, thịt mông, tim, gan, lòng… vào chảo cùng lúc, xào lăn theo kiểu "mỡ ngựa rán ngựa" (dùng chính mỡ có trong thịt để xào, không thêm mỡ ở ngoài). Khi miếng thịt se se cạnh, người ta đổ nước vào chảo và cứ thế ninh sôi sùng sục hàng tiếng đồng hồ.

Để nồi nước dùng được ngon, đầu bếp người Mông phải "chăm sóc" rất chu đáo: múc từng muỗng bọt ra để nước xương thêm ngọt, thêm trong. Các bộ phận như: lòng, tim, gan, tiết, thịt, xương, được cho vào sau cùng và đun nhừ, có thể cho thêm các loại rau.[1][5]